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人目標(biāo)區(qū)域測序

技術(shù)簡介

目標(biāo)區(qū)域測序是利用高通量測序技術(shù)對目標(biāo)基因進(jìn)行測序。對大量樣本進(jìn)行目標(biāo)區(qū)域研究,可以發(fā)現(xiàn)和驗證疾病相關(guān)候選基因或相關(guān)位點,在臨床診斷、用藥指導(dǎo)和藥物開發(fā)方面有著巨大的應(yīng)用潛力。

技術(shù)路線

2-1.png

送樣建議

濃度 (Qubit)體積總量DNA 片段
≥20 ng/μL≥30 μL≥0.5 μgDNA 無降解





技術(shù)參數(shù)

目標(biāo)區(qū)域測序測序策略數(shù)據(jù)量周期

HiSeq/NovaSeq PE150

200X45個自然日





案例分析

全新的ctDNA檢測技術(shù):癌癥個體化深度測序分析方法(CAPP-Seq)[1]


研究背景            

癌癥個體化深度測序分析方法 (CAPP-Seq),對非小細(xì)胞肺癌 (NSCLC )的 ctDNA 檢測結(jié)果靈敏度高,特異性強且經(jīng)濟可行。

研究目的

利用定制化的 NimbleGen SeqCap EZ Choice Library 作為"篩選器" (selector) 對樣本進(jìn)行靶向捕獲后再進(jìn)行深度測序。

研究結(jié)果

研究者從腫瘤基因突變數(shù)據(jù)庫 (COSMIC) 等來源找出與 NSCLC 復(fù)發(fā)突變相關(guān)的外顯子,再對來自腫瘤基因圖譜 (The Cancer Genome Atlas數(shù)據(jù)庫的 407  NSCLC 患者全基因組測序結(jié)果進(jìn)行篩選,并應(yīng)用迭代算法使篩選出的區(qū)域在充分覆蓋每個樣本的錯義突變的同時盡可能的精簡。羅氏 NimbleGen 根據(jù)以上區(qū)域定制了 NimbleGen SeqCap EZ Choice Library  靶向序列捕獲產(chǎn)品作為本次 CAPP-Seq 的"篩選器",包含了 139 個相關(guān)基因的 521 個外顯子和 13 個內(nèi)含子,共約 125kb。 NimbleGen "篩選器"有效的把測序區(qū)段濃縮到整個基因組大小的 0.004%, 使得后續(xù)超高深度測序得以實現(xiàn)。

t41.png

圖1. CAPP-Seq 靈敏性和特異性分析

參考文獻(xiàn)

[1]. Aaron M. Newman1, Scott V. Bratman1, Jacqueline To,etc. An ultrasensitive method for quantitating circulating tumor DNA with broad patient coverage. Nat Med,(2014).

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