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10x Genomics單細胞轉(zhuǎn)錄組測序

技術(shù)簡介

基于Pacbio10x Genomics單細胞轉(zhuǎn)錄組測序以單個細胞為單位進行檢測?；谖⒘骺丶夹g(shù)的單細胞文庫制備系統(tǒng)，可以同時獲得100-80,000以上的單細胞，制備文庫和Illumina平臺兼容，通過測序?qū)崿F(xiàn)對高通量單細胞數(shù)據(jù)進行細胞群體的分類以及細胞群體間基因表達的差異分析，是研究腫瘤異質(zhì)性，免疫細胞群體和胚胎發(fā)育的優(yōu)秀方法。10X Genomics可應用的細胞類型眾多，如腫瘤細胞、免疫細胞、干細胞、神經(jīng)細胞、生殖細胞、 胚胎細胞等。

技術(shù)路線（實驗+信息分析流程）

 送樣建議

 樣本類型：細胞懸液，組織等

 應用領(lǐng)域

 發(fā)育生物學：神經(jīng)細胞發(fā)育研究、腦發(fā)育研究等。

 腫瘤方向：腫瘤細胞異質(zhì)性、腫瘤微環(huán)境、腫瘤耐藥性等。

 細胞方向:大規(guī)模細胞圖譜構(gòu)建、細胞分化、稀有細胞類型鑒定等。

 免疫方向：構(gòu)建免疫圖譜、免疫細胞分化等。

 生物標志物/疾病分型

 ...

 案例分析

Cell Research： 通過單細胞RNA測序追蹤人類胚胎中的第一個造血干細胞生成[1]

研究背景

迄今為止，追蹤人類胚胎中的第一批造血干細胞（HSC）的出現(xiàn)，特別是其稀有和短暫的前體，是具有挑戰(zhàn)性的，主要是由于技術(shù)限制和材料稀缺性。

研究策略

本文對509個細胞進行了良好的單細胞RNA測序（scRNA-seq），對11,440個細胞進行了基于微滴的scRNA-seq測序（10X Chromium），從而首次構(gòu)建了人類胚胎中HSC生成的分子景觀。涵蓋了人類胚胎發(fā)生過程中從內(nèi)皮細胞到HSC轉(zhuǎn)換的整個過程。

圖1. 人類胚胎單細胞測序分析

參考文獻

[1]. Tracing the first hematopoietic stem cell generation in human embryo by single-cell RNA sequencing. Cell Res. 2019 Nov;29(11):881-894. doi: 10.1038/s41422-019-0228-6. Epub 2019 Sep 9.